A ilha de Malta foi um dos primeiros portos comerciais, visitada por marinheiros fenícios em 1500 a.C. Os cães malteses foram mencionados em documentos já em 300 a.C. A arte grega inclui cães do tipo Maltês desde o século V e há estátua de cães em túmulos egípcios do século XIII a.C. que foram construídos em homenagem a eles. Embora os cães fossem exportados e distribuídos pela Europa e pela Ásia, o grupo de Malta permaneceu relativamente isolado dos outros cães resultando num cão único e que se manteve assim por séculos. Apesar da marca principal do Maltês ser o seu pelo longo, sedoso e branco brilhante, os primeiros Malteses também nasciam em outras cores. No começo do século XIV eles foram levados à Inglaterra onde se tornaram os queridinhos das damas da sociedade. Escritores dos séculos seguintes sempre comentavam sobre seu tamanho pequeno. Esses cães nunca foram banais, e uma pintura de 1830 chamada “O Cão-Leão de Malta, Último da Raça” sugere que a raça pode ter estado em risco de extinção. Pouco depois, dois malteses foram levados à Inglaterra de Manila. Embora fossem presentes para a Rainha Vitória, eles passaram por outras mãos, e seus filhotes se tornaram os primeiros malteses exibidos na Inglaterra. Nessa época, eles eram chamados de Maltês Terrier, apesar da não terem ancestrais terrier nem as características da raça. Na Europa um dos primeiros cães a ser mostrado em uma exposição – na Grã-Bretanha em1862 e  na América, os primeiros malteses foram apresentados como “cães-leão maltês”, por volta de 1877. O nome cão-leão vem provavelmente do costume de seus criadores, especialmente na Ásia, de tosá-los para parecerem com leões. O AKC reconheceu o Maltês em 1888. O Maltês cresceu lentamente em popularidade e hoje é um dos toys mais populares.